Přírodní rezervace na dně údolí kolem Želejovského potoka a Žehrovky byla vyhlášena v roce 1999 a vedle Hruboskalska a Příhrazských skal je největší rezervací chráněné krajinné oblasti Český ráj. Z mokřadů a zatopených luk zde lidé v 16. stol. vybudovali systém rybníků, které hospodářsky využívali. Do dnešní doby se zachovalo 8 rybníků: Vidlák, poblíž nějž se nachází restaurace a tábořiště, Nebák, Věžák, Dolský, Podsemín, Krčák, Rokytnický a Hrůdka. Některé z nich jsou lemovány pískovcovými útesy, které vytvářejí neopakovatelnou kulisu. Ve skalách nad Věžákem se natáčelo několik scén z filmu "Jak dostat tatínka do polepšovny". Rezervace Podtrosecká údolí ochraňuje v Českém ráji nejrozsáhlejší soubor mokřadních biotopů.